Os projetos de pesquisa vinculados ao PPGENF vêm sendo recebidos e analisados pelo Comitê de Ética em Pesquisa (CEP) da Escola de Enfermagem da Universidade Federal da Bahia (EEUFBA). Composto por membros de áreas interdisciplinares diversas, que realizam reuniões mensais para apreciação de projetos de pesquisa de mestrado, doutorado, pesquisas matriz, projetos multicêntricos e internacionais e emitem pareceres respaldados nas resoluções vigentes no Brasil, a partir das decisões da Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (CONEP), vinculada ao Conselho Nacional de Saúde (CNS) brasileiro.
Possui duas salas, sendo uma de reuniões e outra direcionada às ações de secretaria. Funciona de segunda a sexta-feira das 08 às 17h, com horário de atendimento presencial ao público das 11 às 15h, o que favorece as orientações ao corpo discente e docente do PPGENF. Além disso, integrantes do CEP, principalmente coordenação, participam de aulas e palestras destinadas a discentes e docentes com foco nas questões éticas, sobretudo envolvendo pesquisa em seres humanos, e orientações quanto aos processos de submissão de propostas.